Nació en La Habana Vieja el 03 de abril de 1943. Realizó sus estudios de segunda enseñanza en el Instituto del Vedado.

Apoyó la lucha contra la dictadura de Fulgencio Batista, hasta que empezaron los fusilamientos con juicios sumarios y sentencias de cárcel “arbitrarias”.

Lo detuvieron en diciembre de 1960, con 17 años de edad, junto a otros 3 adolescentes, entre ellos los conocidos expresos políticos cubanos Néstor Piñango y Alfredo Carrión, asesinado en una fuga de la prisión Melena 2 en la Habana en mayo de 1969.  Montaner fue condenado a 20 años de prisión a principios de 1961.​ A las pocas semanas pudo escapar de una cárcel para menores y se asiló en la embajada de Honduras. En septiembre, se exilió. ​

Una vez en Estados Unidos, estudió literatura en la Universidad de Miami. Tras sacar un máster en esta carrera partió a Puerto Rico. Allí enseñó en una universidad hasta 1970, ​ año en que viajó a Madrid para realizar estudios doctorales en la Universidad Complutense.

Múltiples diarios de América Latina, España y Estados Unidos recogían su columna semanal.

Fue profesor en diversas universidades de América Latina y Estados Unidos y ha publicado unos 25 de libros, varios de los cuales han sido traducidos a diversos idiomas. Entre los más conocidos están: Viaje al corazón de Cuba, Cómo y por qué desapareció el comunismo, Libertad: la clave de la prosperidad. Dos de sus más polémicos y divulgados ensayos son Manual del perfecto idiota latinoamericano y Fabricantes de miseria, ambos escritos con Plinio Apuleyo Mendoza y Álvaro Vargas Llosa.

Montaner fue también novelista y publicó su primer libro de ficción al segundo año de su estadía en España, en 1972. La novela, titulada Perromundo. Quince años después publica en 1987 Trama y que en ediciones posteriores pasaría a llamarse 1898: La trama. En 2011 Montaner publica su tercer libro de ficción, La mujer del coronel. En 2012 aparece su cuarta novela, Otra vez adiós. En 2017 Colección Fugas realizó una reedición especial de su primer libro de ficción, Póker de Brujas y otros cuentos. Edición 50 años, que incluye una amplia entrevista a cargo de Luis Leonel León titulada 50 preguntas 50 años después (de la primera vez) ​ donde Montaner recorre su vida y obra. En 2019 publicó sus memorias, Sin ir más lejos. Aunque radicado en Madrid desde que llegara en 1970, desde hacía años tenía también oficina en Miami y, a partir de 2010, después de comenzar a hacer comentarios para CNN en Español, pasa más tiempo en esta ciudad que en Madrid.

Tras el derribo del Muro de Berlín en 1989 se previó una posible caída del régimen de Fidel Castro lo que le llevó a fundar la Unión Liberal Cubana. Ese mismo año convocó en Madrid a exiliados democristianos y socialdemócratas con los que constituyó la Plataforma Democrática Cubana. La Unión Liberal Cubana, de la que Montaner fue presidente honorífico, se afilió a la Internacional Liberal y él fue elegido vicepresidente de esta organización, cargo que ocupó desde 1992 hasta 2012.

La española Fundación para el Análisis y los Estudios Sociales (FAES) lo eligió en 2008 “como el candidato de su preferencia para una futura campaña presidencial en la Cuba post-Castro”.

Fue acusado en 2009 por el Gobierno cubano de colaborar con Otto Reich, exsubsecretario de Estado del gobierno de George Bush, en el golpe de Estado en Honduras, que terminó con el presidente Manuel Zelaya,. Según la acusación, que aseguró haber tomado información de Radio Miami, un informe secreto enviado a una embajada de un país europeo muy aliado de Washington revela de manera detallada y convincente esas acciones. También afirmó que Montaner como Reich estuvieron en contacto permanente con los golpistas, mediante agentes intermediarios directos o vía telefónica. El nivel de la denuncia fue tal, que un grupo de políticos e intelectuales firmaron un manifiesto de apoyo al escritor. ​ Entre las personalidades que firmaron el manifiesto se encontraban Esperanza Aguirre, José María Aznar, Armando Calderón Sol, Václav Havel, Luis Alberto Lacalle, Adam Michnik, Zoé Valdés y Mario Vargas Llosa, entre otros. ​

En 2010 Montaner protagonizó una polémica epistolar con el cantautor castrista Silvio Rodríguez después de que este publicara un poema titulado Preguntas de un trovador que sueña. Una de esas preguntas decía: “Si los miles de cubanos que perdimos familia en atentados de la CIA hiciéramos una carta de denuncia ¿la firmaría Carlos Alberto Montaner?”, y este contestó afirmativamente, conminando al cantautor a firmar una carta en defensa de los presos y perseguidos políticos, dando así origen a un intercambio público de breves cartas.

En junio 30, 2023 Carlos Alberto Montaner falleció en Madrid tras haberse despedido en mayo en un emotivo artículo en el que hablaba de la condición neurodegenerativa que padecía.

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